Les organes de gestion du FAJ sont :

• Le conseil d’Administration;
• La Direction Générale.

Le conseil d’administration du FAJ est composé comme suit:

• Un représentant du Ministère en charge de la Justice;
• Un représentant du Ministère en charge des Finances;
• Un représentant du Ministère en charge du Plan;
• Un représentant du Ministère en charge de l’Intérieur;
• Un représentant du Ministère en charge des Domaines et de l’Habitat.

L’organigramme du FAJ est traduit par l’image suivante :